(CNN) – El descubrimiento de nuevas variantes de coronavirus importantes en el Reino Unido y Sudáfrica comenzó con una apuesta de una botella de vino.
A mediados de noviembre, Tulio de Oliveira, quien dirige un laboratorio de genética en Sudáfrica, comenzó a recibir llamadas telefónicas ansiosas de médicos en la provincia Cabo Oriental, que estaban asistiendo a un crecimiento explosivo de los pacientes con covid-19. Los hospitales estaban quedando rebasados rápidamente. El aumento aparentemente había surgido de la nada.
“Fue impactante”, dijo de Oliveira, profesor de la Universidad de KwaZulu-Natal en Durban.
De Oliveira pidió inmediatamente muestras del virus de la nariz de los pacientes para poder secuenciarlas genéticamente.
En menos de una semana, secuenció 16 muestras. Los 16 tenían mutaciones similares, y un número inusualmente alto de mutaciones.
“Me dije a mí mismo ‘hay algo muy extraño aquí’”, contó de Oliveira.
De Oliveira, un cazador de virus prominente, había descubierto una nueva variante de coronavirus.
Las 16 muestras estaban a cientos de kilómetros de distancia entre sí en las provincias de Cabo Oriental y KwaZulu-Natal. Por tanto, tuvo el presentimiento de que la variante se estaba extendiendo con rapidez.
Para sumar a las preocupaciones, algunas de las mutaciones estaban en los genes relacionados con los picos que se encuentran en la parte superior del virus. Las pruebas para detectar el virus, así como los medicamentos y las vacunas contra el covid-19, se han enfocado en esos picos. La preocupación es que si los picos cambian, es posible que las pruebas, los medicamentos y las vacunas no funcionen tan bien.
Los pasos para rastrear la variante de coronavirus en Sudáfrica
En el siguiente paso de su búsqueda del virus, de Oliveira se acercó a los laboratorios de la Red de Vigilancia Genómica en Sudáfrica y les pidió que enviaran muestras de virus de sus pacientes con covid-19 desde todas partes.
Uno de los laboratorios estaba en Stellenbosch, una ciudad que alberga las famosas bodegas de Sudáfrica.
De Oliveira dijo que Susan Engelbrecht, la científica principal del laboratorio de Stellenbosch, le dijo que se sorprendería si la nueva variante hubiera llegado a su área, ya que está a más de 700 kilómetros de la bahía de Nelson Mandela, donde se detectó en primera instancia la propagación de la variante.
“Hice una apuesta con ella, que si encontrábamos la variante en más del 50% de las muestras de Stellenbosch, me daría una botella de vino”, dijo de Oliveira. “Ella dijo que no solo me daría una botella de vino, sino que estaba segura que no sucedería”, contó.
De las 67 muestras de Stellenbosch, 58 eran de la misma variante encontrada en la bahía de Nelson Mandela.
De Oliveira está considerando qué vino Stellenbosch elegirá… pero sabe que será uno costoso.
La alerta al mundo luego de identificar la variante del covid-19
Unos días después, el 4 de diciembre, de Oliveira envió un correo electrónico urgente al funcionario de la Organización Mundial de la Salud que dirige el Grupo de Trabajo de Evolución del Virus SARS-CoV-2 de la agencia.
“Me gustaría solicitar una adición urgente a la agenda de hoy, para alertar sobre algunos hallazgos preliminares de Sudáfrica”, escribió de Oliveira.
Se otorgó el permiso y De Oliveira alertó a los otros científicos en la llamada, que provenían de todo el mundo, sobre esta nueva variante extraña que estaba viendo en Sudáfrica. Señaló que incluía una mutación en una posición de la proteína de pico llamada N501Y, e instó a sus colegas a buscar mutaciones similares en sus países.
Andrew Rambaut, profesor de la Universidad de Edimburgo, asumió la tarea. Él y sus colegas buscaron en la base de datos genómicos del Reino Unido y encontraron una variante que contenía la mutación N501Y, que se estaba extendiendo rápidamente en partes del sureste de Inglaterra. Publicaron sus hallazgos el 20 de diciembre.
Ese día, Rambaut tuiteó: “La pista para buscar N501Y provino de @Tuliodna, que estaba rastreando esta mutación en Sudáfrica”.
Maria Van Kerkhove, líder técnica de la respuesta de la OMS al coronavirus, dijo que el descubrimiento de De Oliveira “definitivamente impulsó (a los científicos británicos) a observar los diferentes tipos de variantes”.
“Estoy muy agradecida de que tengamos esta colaboración (internacional)”, agregó.
‘Estamos jugando un juego muy peligroso con este virus’
Si un virus cambia su genética de la manera correcta, es posible que las pruebas no puedan detectarlo tan fácilmente y que las vacunas no funcionen tan bien.
“Estamos jugando un juego muy peligroso con este virus en este momento”, dijo Van Kerkhove, dado el crecimiento explosivo en Estados Unidos y otros países. “Lo que nos preocupa es que cuanto más se extienda, más oportunidades tendrá de cambiar”, explicó.
Estas variantes se encontraron en Sudáfrica y el Reino Unido, pero no está claro dónde comenzaron. Hasta ahora, parece que ambas se propagan más rápidamente, pero no son más mortales. Los fabricantes de vacunas y otros científicos están estudiando si las variantes representan un desafío para las vacunas.
Vigilar el virus —secuenciar genéticamente muestras de un gran número de personas— es “un aspecto fundamental del control del virus” y una forma importante de “comprender a tu enemigo”, dijo Van Kerkhove.
Trevor Bedford, epidemiólogo genómico del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson, da el ejemplo de cómo la secuenciación genética este verano ayudó a vincular 59 casos de covid-19 en varias partes de Irlanda a un único vuelo. Saber que los pasajeros se contagiaron en el avión ayudó al rastreo de contactos y las acciones de control.
“La secuenciación realmente lo consiguió”, dijo Bedford.
Secuenciación del coronavirus en Estados Unidos
El 20 de diciembre, el día en que los científicos británicos publicaron sus hallazgos, se activó un grupo de Slack para cazadores de virus de Estados Unidos.
Quizás las variantes del Reino Unido y Sudáfrica u otras mutaciones preocupantes también existieron en Estados Unidos.
“Eso definitivamente hizo que la gente actuara rápido”, dijo Bedford, quien es miembro de un grupo Slack de SPHERES, un nuevo consorcio estadounidense para coordinar la secuenciación genética del coronavirus liderado por los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC, por sus siglas en inglés).
Hasta ahora en la pandemia, la secuenciación genómica en Estados Unidos ha quedado rezagada con respecto a la de otros países. Por ejemplo, el Reino Unido ha secuenciado muestras de virus de unas 146.000 personas. EE.UU. ha secuenciado muestras de solo 58.000 personas, según la base de datos GISAID, aunque tenía muchos más casos de covid-19.
Ver a otros países, como el Reino Unido y Sudáfrica, sobresalir en la secuenciación genómica puede ser difícil, dijo Bedford.
“Por supuesto, es frustrante”, opinó.
En Sudáfrica, una vez que de Oliveira recibió el aviso de los médicos de que el número de casos estaba aumentando, él y sus colegas solo tardaron unas dos semanas en identificar la nueva variante. Una vez que los investigadores británicos recibieron el dato de de Oliveira, les llevó menos de tres semanas encontrar su propia variante y publicar su estudio.
Las cosas no se mueven tan rápido en Estados Unidos, dijo Bedford.
En Estados Unidos, los laboratorios que tienen muestras de coronavirus de pacientes a menudo no trabajan directamente con los científicos que secuenciarán esas muestras. Eso significa que los científicos tienen que identificar esos laboratorios, pedirles que guarden muestras y luego hacer acuerdos legales para compartir las muestras.
“Parte de la razón por la que estamos haciendo un tan mal trabajo es que tenemos (estos) problemas estructurales”, dijo Bedford.
Las diferencias entre los sistemas de salud
Sudáfrica y el Reino Unido, por otro lado, tienen servicios de salud nacionales, por lo que los laboratorios que realizan las pruebas de covid-19 y los expertos que realizan la secuenciación suelen trabajar para la misma entidad.
“Tienen un único sistema nacional de salud y un único servicio nacional de microbiología, lo que facilita mucho la coordinación de las cosas”, dijo el Dr. Gregory Armstrong, director de la Oficina de Detección Molecular Avanzada del Centro Nacional de Enfermedades Infecciosas Emergentes y Zoonóticas de los CDC. “No tenemos un sistema que sea ni de lejos tan robusto como el sistema del Reino Unido”, explicó.
Otra razón por la que Estados Unidos queda por detrás es que el Reino Unido ha invertido sumas de dinero enormes en la secuenciación genómica.
“El sistema en el Reino Unido es realmente el estándar de oro sobre cómo realizar vigilancia genómica”, dijo Armstrong. “No creo que nunca logremos ser capaces de llegar a ese nivel”, agregó.
El CDC está tratando de apuntalar el sistema de vigilancia estadounidense, con subvenciones recientes de millones de dólares a laboratorios estatales y universitarios.
El objetivo de los CDC es duplicar con crecer el número de genomas de coronavirus secuenciados en Estados Unidos, dijo Armstrong. La secuenciación se realiza en laboratorios de los CDC, departamentos de salud estatales, universidades y empresas privadas.
Estados Unidos secuencia ahora alrededor de 3.000 muestras a la semana. Los CDC esperan que en las próximas dos semanas se duplique con creces a cerca de 6.500 por semana, dijo.
Los científicos de todo el mundo están ansiosos por ver el cambio.
“Soy optimista de que esto mejorará rápidamente”, dijo Van Kerkhove.